Seit dem Sieg über Erzfeind Shredder ist der Teamspirit der Ninja-Turtels passé, und sie gehen eigene Wege. Nur Meister Splinter versucht alles, damit sich Donatello, Leonardo, Michelangelo und Raphael nicht aus den Augen verlieren. Aus gutem Grund: Denn in den Straßen von New York tun sich besorgniserregende Dinge. Der Großindustrielle Max Winters hat angefangen, Monster aus allen Zeiten zu versammeln. Mit dieser furchtbaren Armee will er die Welt unterwerfen. Die Turtels könnten ihn stoppen - aber nur mit gemeinsamen Kräften.