Südamerika um 1750: Der bekehrte Söldner und Sklavenhändler (Robert De Niro) und der idealistische Jesuiten-Pater (Jeremy Irons) kämpfen mitten im Dschungel gegen spanische und portugiesische Kolonialherren für ein menschenwürdiges Dasein der südamerikanischen Indios. Ihr Engagement stößt auf massiven Widerstand und selbst der Abgesandte des Vatikans kann gegen die heranziehenden Soldaten nichts ausrichten. Gemeinsam mit ihren indianischen Schützlingen erwarten die Männer den tödlichen Überfall.