Der desillusionierte Ex-Army Captain Nathan Algren (Tom Cruise) nimmt im Jahr 1875 den Auftrag an, die Armee des japanischen Kaisers auszubilden. Er soll die Truppe auf den Kampf gegen die letzten Samurai-Krieger des Kaiserreichs vorbereiten. Doch bereits im ersten Gefecht werden die Soldaten vernichtend geschlagen und Algren wird gefangen genommen. Schwer verletzt wird er in das Dorf des Anführers der Samurai Katsumoto (Ken Watanabe) gebracht. Er wird gesund gepflegt und lernt die Lebensweise der Samurai kennen. Er freundet sich mit den Samurai an und zieht mit ihnen in eine alles entscheidene Schlacht.