Auf der Suche nach seinem auf See verschollenen Bruder, gerät der junge Fischer Ryota mit seinen Freunden in Seenot. Gemeinsam erwachen sie am Strand der merkwürdigen Südseeinsel 'Letchi', auf der eine geheime Terrororganisation namens 'Roter Bambus' eine Anlage errichtet hat, in der Atomwaffen hergestellt werden. Zudem entführt der Rote Bambus Bewohner von Infant Island, damit diese ihnen einen gelben Saft brauen, gegen den 'Ebirah', ein riesiger Hummer, der an den Küsten Letchis lauert, allergisch zu sein scheint. Auf der Flucht vor dem Roten Bambus finden die schiffbrüchigen Freunde in einer Höhle den schlafenden Godzilla und erwecken ihn mit Hilfe eines improvisierten Blitzableiters. Der Plan gelingt und Godzilla macht sich nach einem kurzen Kampf mit Ebirah über die Basis des Roten Bambus her, während die Bewohner von Infant Island Mothra herbeirufen. Bei der Zerstörung der Basis wurde versehentlich der Zeitzünder einer Atombombe aktiviert, die nun droht, die gesamte Insel zu vernichten! Mittlerweile entbrennt zwischen Godzilla und Ebirah ein weiterer Kampf, bei dem Godzilla seinem Gegner die Scheren abreisst. Kurz darauf taucht Mothra über der Insel auf und rettet nach einem kurzen Kampf mit Godzilla die Menschen von der Insel, die kurz darauf durch eine gewaltige Atomexplosion im Meer versinkt. Godzilla, der dem Inferno noch im letzten Moment entkommen konnte, schwimmt mit unbekanntem Ziel durch den Pazifik und Mothra kehrt mit den Geretteten zurück nach Infant Island..