Eigentlich läuft alles super für Grundschülerin Lilo und ihren Freund, das Alien Stitch. Vollständig rehabilitiert und umgeben von allerhand gut gelaunten Mutanten könnte Stitch einen Posten als Kampfschiffkommandant antreten, während Lilo als Botschafterin die Erde im galaktischen Rat vertritt. Doch erstens müsste man sich dafür trennen, was in Wahrheit keiner will, und zweitens droht gerade jetzt Gefahr durch Doktor von Hamsterviel und seine aggressiven Stitch-Klone, die sogenannten Leroys.