400 Jahre in der Zukunft: 99 Prozent der Menschheit sind ausgerottet. Vernichtet von einer heimtückischen Seuche. Die einzige Zuflucht der Überlebenden: der eingemauerte Stadtstaat Bregna, der streng von einer Partei von Wissenschaftlern regiert wird. Hier gibt es das perfekte Leben in perfekter Harmonie, das geradezu nach einer perfekten Revolution schreit. Als das Cybergirl Aeon Flux (Charlize Theron), Top-Agentin einer Untergrundbewegung, den Regierungschef töten soll, steigt sie hinab in die dunkelsten Tiefen dieser scheinbar so märchenhaften Welt. Was sie dort entdeckt, bringt ihr Bild gehörig ins Wanken. Plötzlich scheint nichts mehr, wie es war. Ist es die richtige Seite, auf der sie steht?