Der New Yorker Polizist James Edwards (Will Smith) macht bei einer Verfolgungsjagd eine interessante Entdeckung: Der Dieb, den er gerade verfolgte, ist nicht irrdisch, sondern ein Außerirdischer.
Kurz darauf tritt der mysteriöse Agent K. (Tommy Lee Jones) in Edwards Leben, der ihn für die Geheimorganisation "Men in Black" rekrutiert. Denn was der Otto-Normal-Bürger nicht wissen darf: Außerirdische leben schon seit Jahrzehnten auf der Erde, diese ist nach K.'s Worten so etwas wie "Casablanca ohne Nazis". Außerirdische aus allen Teilen der Galaxie können auf der Erde Asyl beantragen und hier Zuflucht finden. Die Men in Black erteilen Aufenthaltserlaubnisse und kümmern sich darum, dass sich die Außerirdischen auf der Erde nicht allzu sehr daneben benehmen und dass illegale Außerirdische abgeschoben werden. Nachdem Edwards aller Identifikationsmerkmale beraubt wird, ist er fortan Agent J. und arbeitet an der Seite von Agent K.
Bald schon müssen sie sich um eine illegale Riesenkakerlake kümmern, die auf der Suche nach einer Mini-Galaxie ist. Diese befindet sich natürlich auf der Erde. Mit Hilfe verschiedener Gimmicks und futuristischer Waffen verhindern J. und K., dass die Mini-Galaxie in die Hände der Riesenkakerlake fällt.
Bei ihren Ermittlungen treffen die MIB auf die Pathologin Dr. Laurel Weaver (Linda Fiorentino), die sich als sehr hilfreich herausstellt.