Lincoln Six-Echo (Ewan McGregor) ist ein Bewohner einer futuristischen aber in sich abgeriegelten Fabrik in der Mitte des 21. Jahrhunderts. Wie alle Insassen träumt er davon, dass er auserwählt und somit auf "Die Insel" geschickt wird - angeblich der letzte Ort auf dem Planeten, der nicht verseucht ist. Doch dann findet Lincoln heraus, dass seine ganze Existenz auf einer Lüge basiert. Er und seine Mitbewohner in der Fabrik sind menschliche Klone, deren einziger Zweck es ist, für die richtigen Menschen als Ersatzteillager zu dienen. Als er schliesslich das Alter erreicht hat, in dem er "geerntet" werden soll, bricht er mit der hübschen Jordan Two-Delta (Scarlett Johansson) aus dem Gefängnis aus, und es folgt eine lebensgefährliche Flucht vor den Handlangern der Fabrik...