In den (Un-)Tiefen der sieben Meere ist Steve Zissou zu Hause, mit seinem U-Boot Belafonte erforscht er seit Jahren das Leben unter Wasser. Aber Steve hat schon bessere Zeiten erlebt, wird von seinem ewigen Widersacher Hennessey ein ums andere Mal düpiert. Nun setzt er alles auf eine Karte, um sich mit einer Aufsehen erregenden, vielleicht letzten Expedition einen Platz in der Geschichte zu sichern. Er macht Jagd auf den seltenen Jaguar-Hai und bekommt es dabei mit Meuterern, Piraten und zahllosen anderen Überraschungen zu tun...