Stardate: 8130.3
Auf einem an sich unbewohntem Wüstenplaneten werden Lebenszeichen entdeckt, denen ein Expeditionsteam unter Begleitung von Pavel Chekov auf den Grund gehen soll. Dieser Plan entpuppt sich als fatal, denn auf diesem öden Felsen im Weltall wurde vor langer Zeit der charismatisch-wahnsinnige Khan ausgesetzt, der diese Gelegenheit natürlich dazu nutzt, sich aus seiner Gefangenschaft zu befreien, indem er die beiden ungebetenen Besucher als Geisel nimmt und die Macht über deren Raumschiff erlangt. Doch Khan geht es nicht nur um seine Freiheit und die seiner Gefolgsleute, sondern vor allem um Rache an dem Mann, dem er es damals zu verdanken hatte, dass er überhaupt erst in sein unfreiwilliges Exil ausgesetzt wurde. Und das ist niemand anderes als James T. Kirk, frisch beförderter Admiral der Sternenflotte, der durch Zufall im Rahmen einer Inspektion der "Enterprise" im gleichen Sektor unterwegs ist. Als ein nahegelegenes Weltraum-Forschungslabor keinen Funkkontakt mehr beantwortet, wird die Enterprise zur Hilfe gerufen. Anstelle des Forscher-Teams triff die Enterprise dort allerdings nur auf Khan, der die Enterprise sofort unter Beschuss nimmt und in seinem Zorn Kirk erledigen will. Doch Khan hat noch anderes als nur Rache im Sinne: Er will in den Besitz der Genesis geraten, einer gefährlichen Waffe, an dem das Team auf der Forschungsstation gearbeitet hatte und die die Möglichkeit schaffen soll, lebensfeindliche und öde Planeten in funktionierende Ökosysteme zu verwandeln, die sich dann besiedeln lassen. In der Hand der falschen Leute ist die "Genesis" aber eine gefährliche Waffe mit gewaltigem Vernichtungspotential.....