Nicht nur Mulder, auch das Beweisvideo über die Ereignisse in der Nacht, in der Scullys Baby geboren wurde, ist verschwunden. Da Scully die Ermittlungen gegen Deputy Director Kersh nicht weiterführen möchte, müssen Doggett und Reyes alleine weiter machen. Währenddessen entdeckt Scully den Grund für das ungewöhnliche Verhalten ihres Babys: es trägt nicht nur menschliche Genen in sich! Doggett trifft sich mit der mysteriösen Shannon McMahoon, die Beweise dafür hat, dass die Regierung das Trinkwasser chemisch manipuliert, um Kinder in sogenannte Super Soldaten“ zu verwandeln. Gemeinsam mit Dogget und Reyes begibt sich Scully auf die Suche nach den Hintermännern des Experimentes. Sie entdecken eine Verschwörung von grauenhaften Ausmaßen.