Die beiden Cosmos-Zwillinge nehmen Kontakt zu einem Menschen auf, und warnen ihn, daß ein Monster aus dem All auf dem Weg zur Erde ist. In der Zwischenzeit entdeckt das UNGC auf Birth Island (was für ein Name) Godzilla´s Sohn, der nun gewachsen ist, und Little Godzilla heißt. Urplötzlich landet Space Godzilla auf der Insel und greift Little Godzilla an. Er schließt ihn in eine Art Kraftfeld ein. Angelockt von den Schreien seines Sohnes kommt auch Godzilla. Dieser schlägt ein paar Mal auf seinen Widersacher ein, Space Godzilla verschwindet nach kurzer Zeit allerdings wieder ins All. In der Zwischenzeit hat das UNGC eine neue Waffe erschaffen, einen Roboter namens MOGERA (Mobile Operation Godzilla Expert Robot Aero Type), sozusagen der Ersatz für Mechagodzilla. Dieser kann nicht nur fliegen, sondern sich auch durch die Erde bohren. Space Godzilla wird bei seinem Flug über Japan entdeckt, Zeit für Mogera einzuschreiten. Space Godzilla landet in der Innenstadt von Fukuoka und bildet um den Tower eine Reihe riesiger Kristallberge. Durch diese erhält er noch mehr Kraft aus dem All. Währendessen taucht Godzilla in der Bucht von Kagoshima auf. Mogera hat Order, zunächst einmal Space Godzilla und dann Godzilla zu vernichten. Mogera hat allerdings keinen Erfolg. Godzilla schreitet ein, und bekämpft Space Godzilla. Kurz vor Godzilla´s Niederlage erkennt er aber, daß man Space Godzilla nur besiegen kann, wenn man seine Kristallberge zerstört. Zusammen mit Mogera besiegt er dadurch auch seinen Widersacher. Godzilla schwimmt zurück nach Birth Island und trifft auf seinen befreiten Sohn.