Die Turtles suchen ein neues Zuhause und finden ein stillgelegtes U-Bahn-Depot als Domizil. Sie ahnen nicht, daß Shredder, der Oberbösewicht, wieder unter ihnen ist. In den Sümpfen vor dem Gelände von T.G.R.I. findet er Behälter mit Ooze, jener radioaktiven Flüssigkeit, die vier normale Schildkröten in die Turtles verwandelte. Shredder experimentiert mit einer kleinen Schnappschildkröte und einem Schäferhundbaby. Als Rhazar und Tokka sollen sie die Turtles vernichten, aber sie sind zwar grausam, aber tapsig. Raphael kann gar einer Gefangenschaft entfliehen. Schließlich nimmt Shredder selbst Ooze ein und stellt sich, mutiert zu den Klängen von Vanilla Ice, den Turtles in einer Disco...