Freiheitskämpfer Neo (Keanu Reeves), Trinity (Carrie-Anne Moss) and Morpheus (Laurence Fishburne) setzen ihre Revolte gegen die Maschinenarmee fort und vertiefen ihre Kenntnis von den Mechanismen der Matrix. Das ist auch bitter nötig, denn eine gewaltige Schar von Probes macht sich auf den Weg, Zion und die Rebellentruppe zu vernichten. Neo und seinen Mitstreitern bleiben nur 72 Stunden um eine Gegenstrategie auszuhecken.