Zehn Jahre nach King Kongs zerstörerischem Gang durch New York hat ein spezialisiertes Team unter der Leitung der Ärztin Amy (Linda Hamilton) die Aufgabe übernommen, den Riesenaffen zu reanimieren. Ein künstliches Herz soll dies ermöglichen. Inzwischen stösst ein Biologe auf Borneo auf ein riesiges Affenweibchen. Er bietet Amys Geldgebern an, das Tier zu fangen und nach Amerika zu bringen, gegen eine schöne Stange Geld, natürlich. Das Weibchen soll als mögliche Organspenderin herhalten. Nach gelungener Operation erwacht in Kong der animalische Instinkt, der ihn zum Weibchen treibt. In gewohnt brachialer Art befreit er sich und seine Artgenossin. Beide setzen sich in die Berge ab, Amy, der Biologe und die Armee hinterher. Dort ist es allerdings bald vorbei mit der Ruhe, als die Armee unter der Führung eines sehr rücksichtslosen Kommandanten aufkreuzt. Während es den Soldaten gelingt, das Weibchen zu fangen, taucht Kong aus dem Gebirgsfluss, in den er in der Not gesprungen ist, nicht mehr auf. Als Amy nach Monaten feststellt, wie schlecht es dem Weibchen in Gefangenschaft geht, tut sie sich wieder mit dem Biologen zusammen, um es zu befreien.