Als atlantische Kreaturen verheerenden Schaden in der ganzen Welt anrichten, müssen Milo und Kida wieder an die Erdoberfläche zurückkehren. Mitten in ihren Abenteuern entdeckt Kida die große Weisheit und Macht des verzauberten Kristalls von Atlantis und steht schon bald vor einer schweren Entscheidung: Soll sie lieber das Herz von Atlantis bewahren oder sein Licht mit dem Rest der Welten teilen und somit die versunkene Stadt wieder an die Oberfläche bringen?