Dem dunklen Ritter Batman (Stimme: Peter Weller) und seiner Partnerin Robin (Ariel Winter) ist es gelungen, Gotham City zurückzuerobern und der Stadt wieder eine Spur Hoffnung zu geben. Der Terror, den die Mutanten in der Stadt angerichtet haben, hat die Menschen in Angst und Schrecken versetzt. Doch schon nach kurzer Zeit wird der Frieden erneut gestört und mehrere weitere dunkle Gefahren nähern. Zum einen der Joker (Michael Emerson) mit seiner teuflischen Scharade, zum anderen auch eine Katastrophe globalen Ausmaßes. Doch damit nicht genug, ist auch noch Superman (Mark Valley) auf dem Weg nach Gotham City und hat dieses Mal den dunklen Ritter im Visier, der durch seine Taten in den Augen von Superman selbst zum Verbrecher geworden ist. Ein weiteres Mal muss Batman den Kampf aufnehmen und hat nur wenige Helfer auf seiner Seite.