In einer futuristischen Welt voller Vorurteile gelten Mutanten als gefährliche Andersartige. Aus Angst vor ihren übermenschlichen Fähigkeiten will US-Senator Robert Kelly sie daher allesamt registrieren und am liebsten verbannen lassen. Dieser Plan kommt dem verbitterten Mutanten Magneto gerade recht, der sich mit seinen Helfern auf den finalen Kampf um die Weltherrschaft vorbereitet. Ein Krieg, den die Menschheit eigentlich nur mit Hilfe von Professor Xavier und dessen "guten" Mutanten, genannt "X-Men", gewinnen kann...