Nach zwei traumatischen Kinoabenteuern rüstet der unfreiwillige Cyber-Messias Neo zum finalen Kampf. Während sich in der einzig noch existierenden Menschensiedlung die Bewohner mit letzter Kraft und im Schulterschluss mit Robotern gegen die Maschinen zur Wehr setzen, begibt sich der Held zusammen mit Trinity ins Maschinen-Megalopolis, um dort den langersehnten Frieden zu erkämpfen. Derweilen klont sich der fiese Agent Smith pausenlos und stellt sich schließlich als letzter verbliebener Rivale gegen den Weltenretter.