Tief unter der Erdoberfläche, in der letzten verbliebenen Menschensiedlung Zion, rüstet der mutige Hacker Neo mit Hilfe von Trinity und Morpheus zum ultimativen Kampf gegen die Herrschaft der Maschinen. Die haben den Fortschritt ebenso mitgemacht wie Agent Smith, der, hundertfach geklont, nun erneut gegen die schick gewandeten Weltenretter antritt. Und als ob das alles nicht schon reichte, setzt man auch noch diabolische Zwillinge auf Neo an. Viel zu tun für den ultracoolen Heroen und seine Mitstreiter.