CIA-Agent Mike Scott (Granger) wird nach dem Mord an zwei seiner Kollegen nach Hongkong geschickt, um deren Ermittlungen gegen einen Schmugglerring fortzuführen. Der wiederum bedient sich der titelgebenden drei Dschunken, um Atomwaffenelektronik von Hongkong nach China zu verschiffen, was bislang aber noch nicht bewiesen werden konnte.
Als Unterstützung für Scott wird Agentin Carol Eden (Schiaffino) in die Verbrecherorganisation eingeschleust, die den CIA-Veteranen mit wertvollen Informationen über Fracht und Route der Dschunken versorgen soll.
Doch irgendwie scheint das mysteriöse kriminelle Mastermind "der Chef" Wind von Scotts Anwesenheit bekommen zu haben und setzt seinen Schergen Pereira (Frank) auf Scott und seinen lokalen Kontakt Smoky (Juhnke) an.