In Japan setzt ein Meteoritenschauer aus dem All automobilgroße außerirdische Insekten frei, die sich schnell in den Kanalisationen und U-Bahn-Röhren der Städte breit machen und einen gigantischen Pilz kultivieren. Dieser Pilz produziert Sauerstoff in einem für den Menschen lebensbedrohlichen Umfang und dient, wie eine aufgeweckte junge Wissenschaftlerin bald herausfindet, als Basisrampe für die Invasion weiterer Planeten. Das Militär scheint zunächst machtlos, doch dann naht Hilfe von unerwarteter Seite: Die fliegende Riesenschildkröte Gamera greift ein.

Nach den Kämpfen Gameras gegen die Gyaos erholt sich Tokio langsam von den katastrophalen Zerstörungen. Gamera hat sich ins Meer zuruckgezogen um ihre Wunden zu lecken. Da droht schon wieder neues Ungemach. Ein mysteriöser Meteoriten-Schauer geht uber Japan in der Nähe Sapporos nieder. Kurz darauf kommt es zu merkwurdigen Zwischenfällen in der Stadt. Ein fremder Organismus aus dem All nistet sich in einem U-Bahn-Tunnel ein und menschengroße insektenähnliche Kreaturen greifen die Bewohner an. Aus dem Organismus entwickelt sich eine Pfl anze, die eine Symbiose mit den Insekten eingeht. Legion ist geboren und das Ziel ist die Vernichtung der Erde. Dies ruft naturlich Gamera auf den Plan und es kommt wieder zu mörderischen Schlachten zwischen den Monstern...