Nach Jahren erfolgreicher detektivischer Arbeit bricht nach dem letzten Erfolg in einer Spielzeugfabrik die Scooby-Gang auseinander. Daphne (Sarah Michelle Gellar), Fred (Freddie Prince Jr.), Velma (Linda Cardellini), Shaggy (Matthew Lillard) und Scooby Doo gehen getrennte Wege, wobei Shaggy und Scooby zusammen bleiben. Zwei Jahre später jedoch ruft sie der Vergnügungsparkbesitzer Mondavarius (Rowan Atkinson) auf die Insel "Spooky Island", um den dortigen unerklärlichen Vorkommnissen auf die Spur zu kommen. Der alte Teamgeist erwacht wieder, auch wenn Scooby und Shaggy so furchtsam wie immer sind...