Ein U-Boot sucht den Meeresgrund nach den Trümmern von Mechagodzilla ab. Doch die Außerirdischen sind den Menschen zuvor gekommen. Sie haben mit Hilfe des wahnsinnigen Wissenschaftlers Dr. Mafune das mechanische Riesenmonster wieder aufgebaut. Gleichzeitig hat Mafune einen gefährlichen Titanosaurus unter seiner Kontrolle. Gemeinsam versuchen sie nun die Macht über die Menschheit zu übernehmen. Doch Godzilla stellt sich erneut dem Kampf gegen die übermächtigen Feind. Ein gigantisches Duell beginnt...