Feindliche Aliens kommen immer wieder auf die Erde, um Menschen zu entführen und ihre Opfer regelrecht auszuweiden. Die Organe der Entführten nutzen sie, um ihre eigene Rasse zu retten, die an einer heimtückischen Krankheit leidet. Die geheime Abwehrorganisation S.H.A.D.O. unter der Führung von Colonel Ed Straker soll für die Sicherheit der Menschen sorgen. In der Nähe des Mondes errichtet sie eine Basis, von der aus die Raumschiffe der geheimnisvollen Angreifer aufgespürt und von einer Flotte von Abfangjägern vernichtet werden können.