Thomas (Dylan O’Brien) und seine Mitstreiter sind dem Labyrinth entkommen und stellen mit Schrecken fest, dass die Erde in Schutt und Asche liegt und durch starke Sonneneinstrahlungen verwüstet wurde. Zunächst werden die jungen Helden in einem Wohnheim untergebracht, wo sie fürs Erste in Sicherheit sind. Doch nach kurzer Zeit entdecken Thomas und seine Mitstreiter Leichen, die von der Decke hängen und darüber hinaus werden sie von den sogenannten „Cranks“ bedroht. Später finden sie heraus, dass ihre Mitstreiterin Teresa (Kaya Scodelario) verschwunden ist. Gemeinsam mit seinen Freunden Minho (Ki Hong Lee) und Newt (Thomas Brodie-Sangster) versucht Thomas die verschwundene Teresa zu finden, wobei sie zahlreichen Gefahren trotzen müssen und sich schließlich dem finsteren Janson (Aidan Gillen) stellen müssen...