Der grausamen Königin Bavmorda wurde prophezeit, dass sie eines Tages von einer Frau mit einem Geburtsmal am Arm entthront werde. Voller Panik erlässt sie den Befehl, alle neugeborenen Mädchen zu untersuchen und, falls das Mal gefunden wird, zu töten. Doch ihr düsterer Plan misslingt, denn die kleine Elora entgeht ihrem Schicksal und wird vom ahnungslosen Zwerg Willow, der ein großer Zauberer sein möchte, gefunden.

Der Dorfzauberer erteilt Willow den Auftrag, Elora zur Daikinikreuzung zu bringen und sie dem ersten Daikini (Mensch) zu übergeben, den er dort trifft. Zusammen mit einigen Gefährten macht er sich auf den Weg und trifft an der Daikinikreuzung auf den zerlumpten Madmartigan, dem er anfangs misstraut, nicht zuletzt, weil dieser in einem Käfig sitzt. Als ein Trupp von Daikinikriegern unter der Führung von Airk Bärenstark vorbeikommt, versucht Willow, ihnen Elora zu übergeben. Doch diese lehnen ab, weil sie auf dem Weg in die Schlacht sind. Madmartigan, der früher mit Airk befreundet war, bietet diesem seine Dienste an und gibt sich als Krieger zu erkennen; Airk lässt ihn allerdings im Käfig sitzen, mit der Bemerkung, dass er ihm damit einen Gefallen tue.

Auf Drängen seiner Gefährten lässt Willow Madmartigan frei und übergibt ihm das Baby. Während Willows Gefährten zum Dorf zurückkehren, folgt Willow Madmartigan, dem mittlerweile das Baby von zwei Brownies gestohlen wurde; Willow kann Elora aber retten. Die Brownies bringen die drei zu ihrer Königin Cherlindrea, die von der Prophezeiung weiß und Willow anweist, Elora zur Zauberin Fin Raziel zu bringen, die von Bavmorda verbannt wurde. Verfolgt von Bavmordas Schergen unter der Führung des finsteren Kael und Bavmordas Tochter Sorsha gelangen sie schließlich zu der Insel, auf der Fin Raziel in Tiergestalt lebt. Willow befreit Raziel, schafft es aber nicht, sie in einen Menschen zurückzuverwandeln. Raziel regt an, zur Burg Tir Asleen weiterzuziehen, wo sie auf Hilfe hofft.

Mittlerweile wurde Elora von Bavmordas Truppen entführt, und die Gruppe macht sich auf den Weg, um Elora zu retten. Während der Rettungsaktion verabreicht einer der Brownies Madmartigan versehentlich „Staub der gebrochenen Herzen“, einen Liebeszauber in Pulverform, woraufhin sich Madmartigan kurzzeitig in Sorsha verliebt. Auf der Flucht wird er von Sorsha gestellt; diese zögert allerdings, ihn zu töten und wird von Madmartigan, der mittlerweile wieder bei Sinnen ist, als Geisel genommen. Die Gruppe flieht nach Tir Asleen, allerdings ist die Burg von Bavmorda verflucht worden und alle Bewohner wurden versteinert. Kaels Truppen nähern sich, und Madmartigan stellt sich mit Unterstützung der anderen dem aussichtslosen Kampf. Sorsha wird sich ihrer Liebe zu Madmartigan bewusst und wechselt die Seiten, bereit, an seiner Seite zu sterben.

Im letzten Moment tauchen Airk und seine Männer auf und vertreiben Kaels Truppen, die sie bis zu Bavmordas Festung verfolgen; allerdings kann Kael Elora in seine Gewalt bringen. Dort angekommen, kann Willow Raziel endlich ihre menschliche Gestalt wiedergeben und Raziel kann ihre wiedererlangten Kräfte nutzen, um die Truppen vor Bavmordas Zauber zu schützen. Am nächsten Morgen stehen Willow und Raziel scheinbar alleine vor der Burg und provozieren Bavmorda, die daraufhin einen Angriff befiehlt. Als sich die Tore der Festung öffnen, greifen die in Erdlöchern versteckten Männer Airks an und können die Burg stürmen. Während der Schlacht tötet Kael Airk und wird seinerseits von Madmartigan getötet. Willow und Raziel eilen zum Turm, in dem Bavmorda Elora mit einem Zauber vernichten will. Zwischen Raziel und Bavmorda entbrennt ein Kampf, in dem Raziel unterliegt. Willow will sich mit Elora davonschleichen, wird aber von Bavmorda gestellt. Mit einem simplen Zaubertrick kann er Bavmorda vorgaukeln, Elora weggezaubert zu haben; die fassungslose Bavmorda richtet versehentlich das Elora zugedachte Ritual gegen sich selbst und wird ausgelöscht. Das Böse ist vernichtet. Am Ende kehrt Willow, nun ein richtiger Zauberer, in sein Dorf zurück.