Der wortkarge, glatzköpfige Mann (Rupert Friend) ist ein namensloser Auftragskiller, ein Hitman. Agent 47 wird er deshalb genannt, weil das die letzten zwei Zahlen des Barcodes sind, die er als Tätowierung hinten auf seinem Kopf trägt. Die Markierung kennzeichnet ihn als einen der genetisch veränderten Auftragsmörder, die zur absoluten Elite auf ihrem Gebiet gehören. Sein neuster Auftrag setzt Agent 47 auf eine junge Frau namens Katia van Dees (Hannah Ware) an, die auf der Flucht ist. Anstatt sauber über die Bühne zu gehen, entpuppt sich die Mission jedoch als äußerst schwierig. Der sonst so routinierte Hitman wird mit Enthüllungen bezüglich seiner Vergangenheit konfrontiert, die mit seinem Opfer in unmittelbarem Zusammenhang stehen. Auf einmal gerät er selbst in Gefahr und muss sich gegen Gegner wie den gefährlichen John Smith (Zachary Quinto) zur Wehr setzen.