Bei einer Geiselnahme macht TV-Reporterin April O'Neil Bekanntschaft mit vier menschengroßen Ninja-Schildkröten. Sie stellen sich als alte Bekannte heraus, als kleines Mädchen hatte sie ihnen das Leben gerettet. Gemeinsam stellen sie sich gegen Shredder und seinen Foot-Clan sowie seinen Verbündeten, den Laborbesitzer Eric Sacks. Sie haben es auf das mutierte Blut der Turtles abgesehen, mit dem sie die Weltherrschaft erlangen könnten. Doch die Bösewichte haben nicht mit den Karate-Kröten gerechnet.