Unter der Führung des Schimpansen Caesar leben die Affen mit den Menschen friedlich zusammen, doch die Menschen sind untergeordnet. Um etwas über seine Eltern und die Zukunft der Erde herauszufinden, unternimmt Caesar zusammen mit dem klugen Orang-Utan Virgil und dem Menschen MacDonald eine reise in die zerstörte und radioaktiv verseuchte verbotene Stadt, da dort in einem geschützten Archiv alte Aufnahmen von Caesars Eltern gelagert sind. In der Stadt werden Sie von aggressiven und mutierten Menschen, die dort noch immer leben, angegriffen. Ihnen gelingt zwar die Flucht, doch die Menschen wollen die Affen vernichten. Doch auch im Lager der Affen gibt es Spannungen. General Aldo will mit Gewalt an die Macht, um die Menschen zu töten. Als ihn Caesars Sohn Cornelius belauscht, wird dieser von Aldo ermordet. Doch dann greifen die Menschen an, es kommt zu einer blutigen Schlacht.