Bei einer Rettungsaktion des verschollenen Taylors erleidet Brents Raumschiff ebenfalls eine Bruchlandung. Er trifft Nova, die ihn zu Taylor bringen soll, doch die beiden Reiten zur Stadt der Affen. Dort erleben sie die Mobilmachung der Gorilla-Armee, um neue Regionen zu erforschen und zu unterwerfen. Die Schimpansen Zira und Cornelius helfen den beiden, doch bei der Flucht werden sie gefangen und sollen in ein Militär-Trainingslager als Versuchstiere dienen. Mit Ziras Hilfe gelingt den beiden die Flucht, sie verstecken sich in einer Höhle. Doch dies ist eine Haltestation der alten New Yorker U-Bahn. Den Gleisen folgend gelangen sie zu einer Gruppe mutierter Menschen mit telepatischen Fähigkeiten. Diese beten als obersten Gott eine Atombombe als heilige Waffe des Friedens an. Als Verteidigung verwenden diese Menschen Illusionen und Trugbilder. Sie zwingen, die Gefangenen Taylor und Brent gegeneinander zu kämpfen. Doch als die Affen angreifen wird die Atombombe aktiviert und ...