Ein seltsamer Komet stürzt auf der Erde ab - in ihm verborgen zwei Deoxys, Pokémons aus dem Weltall. Beim Eintritt in die Atmosphäre wird Rayquaza der bekannte Himmelswächter fast verwundet. Es kommt zu einem spektakulären Kampf mit knappem Ausgang.

Vier Jahre später: Ash, May, Brock, und Max reisen in die Hightech-Stadt Larousse City, wo sie Tory begegnen, einen Jungen, mit einem mysteriösen Freund, einer Lichtgestalt. Tory hat große Angst vor Pokémons, da er den Kampf zwischen Rayquaza und der Deoxys gesehen hat.
In dem Duellturm von Larousse City kommt es zu einem Doppelkampf zwischen Ash und Tory gegen Rafe und Sid. Dass jedoch Ash Tory mit einem Pokémon-Trainer verwechselt hat, wird ihnen zum Verhängnis. Der Kampf ist relativ schnell beendet, das Team von Ash verliert.
Später trifft sich Ash mit Torys Eltern und alle verbringen einen lustigen Abend. Plötzlich glüht am Himmel ein violettes Polarlicht auf. Das violette Deoxys ist in Aufruhr und auf der Suche nach seinem Freund, der beim Aufprall des Kometen von ihm getrennt wurde. Nun ist die Zeit knapp. Ash und Pikachu müssen das grüne Deoxys finden, bevor es die Stadt zerstört…