Als im Japan des frühen 17. Jahrhunderts Tokugawa das zerstrittene Land eint, werden die Shinobi, hochspezialisierte Samuraikrieger, über Nacht arbeitslos. In den Bergprovinzen haben die verfeindeten Clans der Kogas und Igas übernatürliche Fertigkeiten erworben. Ninja-Führer Hanzo (Yutaka Matsushige) spielt sie gegeneinander aus: Die Anführer Danjo (Minoru Terada) und O-Gen (Riri) sollen ihre Mannen duellieren lassen. Wer gewinnt, darf einen Shogun stellen. Das gefährdet Oboros (Yukie Nakama) und Gennosukes (Jô Odagiri) verbotene Liebe, die sich über Stammesgrenzen hinwegsetzt.