Mäusedame Brisby hat probleme. Just, als sie mit ihrer Familie aus der behaglichen Wohnung unter einem Stein am Feldrand ausziehen müsste, erkrankt ihr jüngster Sohn und darf nicht transportiert werden.

Hilfesuchend wendet sie sich an die Tiere in der Nachbarschaft; und kommt so zu den "Ratten von NIMH". Es sind Mutanten --verändert durch Tierversuche am Institut NIMH.

Die Ratten, zauberhaft mächtig, wollen auch gerne helfen, zumal Brisbys verstorbener Mann bei den Ratten hohes Ansehen genießt. Allerdings haben die Ratten eigene Probleme. Ein Usurpator will die Macht an sich reißen und bedroht das Leben Aller.

Schlechte Karten für Familie Brisby. aber... man hat ja Freunde im Feld...