Eine riesige Energiewolke nähert sich dem Sonnensystem und zerstört sämtliche Raumschiffe, die sich ihr nähern. Daraufhin übernimmt Admiral Kirk (William Shatner) die Enterprise vom dem kommandierenden Offizier und Protege Decker und trommelt seine alte Crew wieder zusammen, inclusive dem nach Vulkan gegangenen Mr. Spock (Leonard Nimoy). Bei der Energiewolke angekommen, wird das Schiff aus dem Inneren des Gebildes gescannt, wobei die Navigatorin Ilia entführt wird, um als Sonde und Kontaktperson auf die Enterprise zurückzukehren. Die Wolke ist auf der Suche nach ihrem Schöpfer, den sie im Sonnensystem vermutet. Immer tiefer dringt die Enterprise in die Wolke ein, um einem uralten Geheimnis auf die Spur zu kommen...