New York 1939 am Vorabend einer Katastrophe.Die gigantische "Hindenburg III"landet in einer verschneiten Nacht auf dem Dach des Empire State Building. An Bord des Zeppelins befindet sich ein ängstlicher Wissenschaftler, der seinem deutschen Kollegen Dr. Walter Jennings kurz vor der Landung noch eine letzte Nachricht übermitteln kann: "Ich werde verfolgt".Rund um den Erdball verschwinden die berühmtesten Wissenschaftler spurlos. Einzig „Chronicle"-Reporterin Polly Perkins sieht die Zusammenhänge. Flieger-As „Sky Captain" vertraut ihr, gemeinsame Ermittlungen führen zu den entlegensten Winkel der Erde.
Die Fäden laufen zusammen, die schreckliche Gewissheit trägt einen Namen: „Dr. Totenkopf". Das grausig-geniale Superhirn beherrscht eine Armee finsterer Kreaturen und plant die Vernichtung des Planeten.
Polly und Sky Captain sind die letzte Hoffnung, Hilfe kommt allein von Jagdflieger-Kommandantin Franky Cook und Dex einem begnadeten Tüftler. Können die Kräfte des Guten Totenkopf aufhalten?Nachdem sie sich gegen die geklonten Saurier des Dr. Totenkopf zur Wehr gesetzt haben und abgrundtiefe Schluchten überquerten, kommt es zum alles entscheidenden Kampf gegen die Mächte des Bösen....