Nach den Ereignissen in Teil 2 wird die schwer verletzte Eve (Natasha Henstridge) zurück zur Militärbassis gebracht. Auf dem Weg dort hin läuft aber wieder einiges schief.

Eve gebärt eine Tochter und wird anschließend von einem Alien-Mensch-Hybriden getötet. Das Neugeborene schnappt sich der Wissenschaftler Dr. Abbott, der zusammen mit seinem begabten Schüler Dean die perfekte Alienrasse mit Saras - wie er das Alien nennt - Genen züchten will. Doch auch die Alien-Mensch-Hybriden brauchen Saras Gene, um das Überleben ihrer Spezies sicherzustellen, denn die Hybriden sind mit einem fatalen Gen-Defekt ausgestattet.