Weil die Menschheit die Natur und damit die darin lebenden Fabelwesen zerstört, kündigt Elfenprinz Nuada (Luke Goss) den seit Ewigkeiten herrschenden Frieden und will die unbesiegbare Goldene Armee in die Schlacht führen. Hellboy (Ron Perlman) und seine Kollegen vom Institut für paranormale Forschung und Verteidigung sind gefordert! Mit Freundin Liz (Selma Blair) und Fischmensch Abe (Doug Jones) legt er los. Doch sein Gegner ist unsterblich.