Ein Jahr nach der Verbindung mit der Guyver-Einheit und der Zerstörung der Cronos Corporation, der Firma, die für die Guyver und die Kreaturen namens Zoanoids in Los Angeles verantwortlich ist, hat Sean Barker seine Kräfte zur Verbrechensbekämpfung eingesetzt. Leider hat der Wunsch der Guyver-Einheit zu töten Sean emotional erschöpft. Als er von Höhlenzeichnungen erfährt, die den Bildern ähneln, die er in seinen Träumen in den Bergen Utahs entdeckt hat, macht sich Sean auf den Weg zu den archäologischen Ausgrabungen, die dort stattfinden. Unterwegs trifft er auf Cori Edwards, die Tochter von Marcus Edwards, dem leitenden Archäologen an der Stelle.

Bei seiner Ankunft entdeckt Sean einen Schädel, der dem von Lisker ähnelt, einem Zoanoid, gegen den er vor einem Jahr gekämpft hat. Später in der Nacht kämpft Sean gegen einen Zoanoid namens Volker, der die archäologische Grabung terrorisiert. Als ihr Kampf durch die Ankunft von Cori und ihrem Team unterbrochen wird (was Volker die Flucht ermöglicht), wird Sean von einem verdächtigen Kommandanten Atkins befragt, der enthüllt, dass der Guyver nur die Filiale der Cronos Corporation in Los Angeles zerstört hat und dass ein weiterer Zweig von Cronos hinter den Zoanoid-Angriffen in den Bergen steckt.