In einem Zeitalter, in dem nicht mehr Rassen oder Religionen die Menschen voneinander trennen, sondern außergewöhnliche, mutierte Kräfte, werden zwei ehemalige Freunde, Professor Charles Xavier (Patrick Stewart) und Magneto (Sir Ian McKellen) über die Frage, wie mit den "normalen" Menschen umzugehen sei, zu erbitterten Feinden. Eines ist unbestritten: Die "normalen" Menschen haben vor den Mutanten und ihren Kräften (wie zum Beispiel Telekinese) Angst. Gesetze sollen Mutanten kennzeichnen, ihre Bewegungsfreiheit wird eingeschränkt. Professor Xavier hat sich entschieden, gegen diese Ängste anzukämpfen, indem er eine Schule eingerichtet hat, in der er junge Mutanten in ihren Fähigkeiten ausbildet und ihnen beibringt, ihre Gaben...