Seit Jahren hält sich Jason Bourne mit Kämpfen in Fight Clubs am Leben. Als seine einstige Vertraute Nicky auf Dateien stößt, die nicht nur die Hintergründe des Treadstone-Programms illuminieren, in dessen Rahmen Jason zur Kampfmaschine umfunktioniert wurde, sondern auch auf neue Geheimprogramme der CIA hinweisen, wird nicht nur Bourne wieder aktiv, sondern auch CIA-Chef Dewey und seine junge Cyberspezialistin Heather Lee schreiten zur Tat: Während Jason die Sache beenden will, will die Agency ihn endgültig beseitigen.