Mit einem Meteor, der im Jahr 2030 eingeschlagen ist, sind außerirdische Wesen, körperlose Phantome, auf die Erde gekommen, die einen Großteil der Menschen getötet und ihre Zivilisation weitgehend vernichtet haben. Die Überlebenden haben sich zurückgezogen in neue, besonders geschützte Städte, aus denen heraus die Armee gegen die Aliens kämpft. Bisher war alles vergeblich, doch nun, im Jahr 2065, verfügt das Militär unter General Hein über eine neue Waffe, die Zeus-Kanone, die die Phantome wahrscheinlich vernichten kann, aber vielleicht auch die Erde mit ihnen. Um dies zu verhindern, arbeiten die Wissenschaftlerin Aki Ross und ihr genialer Lehrer Dr. Sid an einem Projekt, das die Aliens neutralisieren könnte, ohne der Welt einen Schaden zuzufügen. Nur läuft ihnen die Zeit davon.