Man schreibt das Jahr 2415. 99 Prozent der Erdbevölkerung sind einem Virus zum Opfer gefallen, der Rest der Menschheit lebt eingemauert im idyllischen, extrem gut bewachten Stadtstaat Bregna. Das Sagen hat eine streng abgeschirmte Partei von Wissenschaftlern. Rebellen wie Aeon Flux, Topagentin der Untergrundbewegung 'Monican', werden gnadenlos gejagt. Kein Wunder, hat es die Freiheitskämpferin doch auf Regierungschef Trevor Goodchild abgesehen, der um das dunkle Geheimnis der 'schönen neuen Welt' weiß.