Fox Mulder (David Duchovny), das schwarze Schaf des FBIs, und Dana Scully (Gillian Anderson) haben die Kontrolle über die X-Akten entzogen bekommen und werden zu einer Einheit versetzt, die die Explosion eines Bürogebäudes untersuchen soll. Der Zufall will es, dass diese Explosion mit der bekannten Verschwörung in Verbindung steht, die offenbar den Zweck verfolgt, die Erde zu kolonisieren und den Menschen zum Untertan einer außerirdischen Macht zu degradieren. Ein spektakulärer Showdown im ewigen Eis des Südpols erlaubt es Mulder schließlich, zum ersten Mal einen Blick auf ein echtes Raumschiff werfen zu dürfen -- was denn auch den entscheidenden Moment des Spielfilmes ausmacht und ihn doch noch ein wenig als Einzel-Event aus der Serie hervorhebt.
Neben Duchovny und Anderson wirken einige bekannte Gesichter der TV-Serie wie die Lone Gunmen und Mitch Pileggis Assistant Director Skinner als kleines Bonbon für die Fans im Spielfilm mit. Als prominente Gaststars wurden zwei Schauspielerveteranen engagiert: Martin Landau in der Rolle eines Informanten sowie Armin Müller-Stahl als Hauptverschwörer. Regie führte der Serienregisseur Rob Bowman.