Nach der Entdeckung eines Außenposten der Antiker findet der Wissenschaftler Daniel Jackson überraschend heraus, dass die Station nicht – wie erhofft – die sagenumwobene Stadt Atlantis ist, sondern nur eine kleine Basis darstellt.

Doch Jackson entdeckt Hinweise auf eine Antiker-Stadt in einer fernen Pegasus-Galaxie.

Als er die Stargateadresse des betreffenden Planeten entziffert, wird eine Reise dorthin möglich.

In der Hoffnung, Atlantis endlich zu finden, begibt sich ein internationales Expeditionsteam, bestehend aus Wissenschaftlern und Soldaten aus über einem Dutzend Länder, durch das Stargate in die Pegasus-Galaxie, wo sie in der versunkenen Antiker-Stadt Atlantis einen neuen Stützpunkt errichten.

Episoden Staffel 05 DISC 1:
Folge 81 - Such und Rettungsaktion
Folge 82 - Der Keim
Folge 83 - Gelöste Fesseln
Folge 84 - Die Daedalus-Variationen

Episoden Staffel 05 DISC 2:
Folge 85 - Geist in der Maschine
Folge 86 - Der Schrein
Folge 87 - Geflüster
Folge 88 - Die Königin

Episoden Staffel 05 DISC 3:
Folge 89 - Fährtensucher
Folge 90 - Erster Kontakt
Folge 91 - Der verlorene Stamm
Folge 92 - Aussenseiter

Episoden Staffel 05 DISC 4:
Folge 93 - Inquisition
Folge 94 - Mutterliebe
Folge 95 - Überreste
Folge 96 - Eiszeit

Episoden Staffel 05 DISC 5:
Folge 97 - Infektion
Folge 98 - Identität
Folge 99 - Vegas
Folge 100 - Feind in Sicht