Nach der Entdeckung eines Außenposten der Antiker findet der Wissenschaftler Daniel Jackson überraschend heraus, dass die Station nicht – wie erhofft – die sagenumwobene Stadt Atlantis ist, sondern nur eine kleine Basis darstellt.

Doch Jackson entdeckt Hinweise auf eine Antiker-Stadt in einer fernen Pegasus-Galaxie.

Als er die Stargateadresse des betreffenden Planeten entziffert, wird eine Reise dorthin möglich.

In der Hoffnung, Atlantis endlich zu finden, begibt sich ein internationales Expeditionsteam, bestehend aus Wissenschaftlern und Soldaten aus über einem Dutzend Länder, durch das Stargate in die Pegasus-Galaxie, wo sie in der versunkenen Antiker-Stadt Atlantis einen neuen Stützpunkt errichten.