Nach der Entdeckung eines Außenposten der Antiker findet der Wissenschaftler Daniel Jackson überraschend heraus, dass die Station nicht – wie erhofft – die sagenumwobene Stadt Atlantis ist, sondern nur eine kleine Basis darstellt.

Doch Jackson entdeckt Hinweise auf eine Antiker-Stadt in einer fernen Pegasus-Galaxie.

Als er die Stargateadresse des betreffenden Planeten entziffert, wird eine Reise dorthin möglich.

In der Hoffnung, Atlantis endlich zu finden, begibt sich ein internationales Expeditionsteam, bestehend aus Wissenschaftlern und Soldaten aus über einem Dutzend Länder, durch das Stargate in die Pegasus-Galaxie, wo sie in der versunkenen Antiker-Stadt Atlantis einen neuen Stützpunkt errichten.

Episoden Staffel 02 DISC 1:
Folge 21 - Die Belagerung Teil 3
Folge 22 - Der Eindringling
Folge 23 - Der Läufer
Folge 24 - Duett

Episoden Staffel 02 DISC 2:
Folge 25 - Verurteilt
Folge 26 - Dreifaltigkeit
Folge 27 - Instinkt
Folge 28 - Die Verwandlung

Episoden Staffel 02 DISC 3:
Folge 29 - Aurora
Folge 30 - Die verlorenen Männer
Folge 31 - Bienenstock
Folge 32 - Offenbarung

Episoden Staffel 02 DISC 4:
Folge 33 - Kritische Masse
Folge 34 - Unter Druck
Folge 35 - Der Turm
Folge 36 - Der lange Abschied

Episoden Staffel 02 DISC 5:
Folge 37 - Coup D´etat
Folge 38 - Michael
Folge 39 - Inferno
Folge 40 - Die Verbündeten