Nach der Entdeckung eines Außenposten der Antiker findet der Wissenschaftler Daniel Jackson überraschend heraus, dass die Station nicht – wie erhofft – die sagenumwobene Stadt Atlantis ist, sondern nur eine kleine Basis darstellt.
Doch Jackson entdeckt Hinweise auf eine Antiker-Stadt in einer fernen Pegasus-Galaxie.
Als er die Stargateadresse des betreffenden Planeten entziffert, wird eine Reise dorthin möglich.
In der Hoffnung, Atlantis endlich zu finden, begibt sich ein internationales Expeditionsteam, bestehend aus Wissenschaftlern und Soldaten aus über einem Dutzend Länder, durch das Stargate in die Pegasus-Galaxie, wo sie in der versunkenen Antiker-Stadt Atlantis einen neuen Stützpunkt errichten.

Episoden Staffel 01 DISC 1:
Folge 01 - Aufbruch in eine neue Welt
Folge 02 - Aufbruch in eine neue Welt
Folge 03 - Dunkle Schatten
Folge 04 - 38 Minuten

Episoden Staffel 01 DISC 2:
Folge 05 - Unter Verdacht
Folge 06 - Selbstopfer
Folge 07 - Tödliche Verteidigung
Folge 08 - Zurück auf die Erde

Episoden Staffel 01 DISC 3:
Folge 09 - Im Untergrund
Folge 10 - Der Sturm
Folge 11 - Das Auge
Folge 12 - Der Überlebende

Episoden Staffel 01 DISC 4:
Folge 13 - Hot Zone
Folge 14 - Chaya
Folge 15 - 10.000 Jahre
Folge 16 - Bruderschaft

Episoden Staffel 01 DISC 5:
Folge 17 - Nachrichten aus der Pegasus Galaxie
Folge 18 - Die Gabe
Folge 19 - Die Belagerung (Teil 1)
Folge 20 - Die Belagerung (Teil 2)