Im 21. Jahrhundert gibt es nur noch einen sicheren Platz auf der Erde, "die Insel", da der Rest der Welt verseucht wurde. Auch Lincoln Six-Echo (Ewan McGregor) wünscht sich nichts mehr, als dort hinzukommen und den Rest seines Lebens glücklich zu verbringen. Doch stattdessen lebt er ein tristloses Leben in einer kontrollierten Einrichtung, in der alle Bewohner diesen Wunsch hegen. Aber mit der Zeit schwindet die Hoffnung auf Besserung. Als Lincoln dann auch noch herausfindet, dass er und seine Mitbewohner Menschenklone sind, um den richtigen Menschen zu helfen, indem sie ihnen unfreiwillig Ersatzkörperteile liefern, hält ihn nichts mehr hier und er startet zusammen mit der hübschen Jordan Two-Delta (Scarlett Johansson) einen Fluchtversuch. Beide kennen nur noch eins: Rache - Rache an den Menschen, die ihnen das alles angetan haben...