Im zweiten Kapitel der "Matrix"-Trilogie, bekommt Neo seine aussergewöhnlichen Fähigkeiten besser in den Griff, während Zion von der Maschinenarmee belagert wird. Nur noch wenige Stunden bleiben, bis die letzte Fluchtburg der Menschen von 250.000 Wächtern angegriffen wird, die laut Programmierung alles menschliche Leben vernichten sollen.

Doch die Bürger von Zion haben Hoffnung geschöpft: Morpheus überzeugt sie, dass der Erwählte die Prophezeiung des Orakels erfüllen und den Krieg gegen die Maschinen beenden wird. Die Menschen glauben an Neo, der von beunruhigenden Visionen heimgesucht wird, während er versucht, einen Aktionsplan zu entwickeln. Innerhalb der Matrix gibt es jedoch mächtige Player, die Entscheidungen als hohle Tricks ansehen - sie weigern sich, Verantwortung zu übernehmen, und verlassen sich lieber auf gefühlsbetonte Wahrheiten.

Auf seiner gefährlichen Erkundungsreise in die Geheimnisse der Matrix sammelt Neo neue Erkenntnisse über seine eigene Schlüsselrolle im Schicksal der Menschheit, trifft auf noch heftigeren Widerstand, kommt der Wahrheit näher und steht schliesslich vor einer unmöglichen Entscheidung, wie er sie selbst nie hätte erahnen können...